2018年9月，学院与中国核工业集团有限公司签署《共建中国核工业核安全与仿真技术研究院协议》。2019年1月，中国核工业核安全与仿真技术研究院成立揭牌仪式暨理事会第一次会议在哈尔滨召开。

共建研究院是为加快推进实施“一带一路”倡议，军民融合战略、区域协调发展战略和创新驱动战略，旨在加快创建世界一流大学，助推我国核工业创新发展。研究院的成立是双方长期战略合作的一个重要里程碑，是学校推进一流学科建设，打造核科学与技术学科群的重要举措。研究院作为中核集团与哈工程共同直属管理的研发机构，双方将发挥各自优势和引领作用，在人才培养、核安全与仿真、低温供热等多领域推进合作，打造国际一流的创新技术研发基地。